Villaronga nació en Palma de Mallorca el 4 de marzo de 1953. Hijo de una familia feriante, nieto de titiriteros y ambulantes desde muy pequeño tenía pasión por el cine, jugaba a hacer proyecciones con dibujos, cajas de cerillas y linternas. A los 14 años decidió ser director.
Cuando acabó el colegio escribió a Roberto Rosselline a su escuela de cine en Roma, quien le contestó que primero debía acabar la universidad. Fue al colegio de Jesuítas y después se matriculó y licenció en Barcelona en Geografía e Historia. Poco después de empezar la carrera, conoció a Víctor García, con quien empezó a recorrer Europa y América interpretando Yerma, de Lorca.
Sus primeros cortometrajes fueron Anta mujer (1976), Laberint (1980) y Al Mayurka (1980). Siete años más tarde rodó su primer largometraje Tras el cristal, que fue seleccionada para el festival de berlín.
En 1989 dirige El niño de la luna, película con la que logró su primer Goya como guionista. Tras dirigir en 1992 el documental Al-Andalus: las artes islámicas en España, en 1997 regresa a la ficción con 99.9.
En el año 2000 su película El mar, logra numerosos galardones, entre ellos el premio Manfred Salzberg a la innovación y es nominada al Oso de Oso.
En 2002, junto a Isaac P. Racine y Lydia Zimmermann aborda el género del falso documental con Aro Tolbukhin: en la mente del asesino, obteniendo el Premio Ariel como mejor guión original y nominado a la mejor película y dirección.
Tras varios proyectos fallidos, regresa al cine por la puerta grande con Pa negre (2010), un valiente film en blanco y negro con el que se hace en San Sebastián con la Concha de Plata y nueve premios Goya (incluyendo los de Mejor película, Mejor director y mejor guion adaptado), nominándose, además, para competir a mejor película no habla no inglesa en los Oscars.
Le siguieron otras producciones como El rey de La Habana (2015), Incerta Glòria (2017) y El vientre del mar (2021), triunfadora en el Festival de Málaga.
Tras su muerte deja pendiente de estrenar la que es su primera incursión en la comedia, Loli Tormenta.
Entre los numerosos galardones a la trayectoria cinematográfica de Agustí Villaronga destacan el Premio Nacional de Cultura de Cine en 2001, el Premio Nacional de Cinematografía en 2011 o la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes que recibió el pasado 1 de diciembre de mano de los Reyes en Tenerife.
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